C57BL/6J é a linhagem endogâmica mais amplamente utilizada e a primeira a ter seu genoma sequenciado. Camundongos C57BL/6J são resistentes a convulsões audiogênicas, têm densidade óssea relativamente baixa e desenvolvem perda auditiva relacionada à idade. Eles também são suscetíveis à obesidade induzida por dieta, diabete tipo 2 e aterosclerose. Os macrófagos são resistentes aos efeitos da toxina letal do antraz.