É conhecida pela alta incidência de teratomas testiculares espontâneos, embora a incidência seja diferente entre as sub linhagens. Mais recentemente tem sido utilizada na produção de mutações direcionadas devido à disponibilidade de diversas linhagens de células-tronco embrionárias. Estudos recentes mostram a existência de variações genéticas dentro da "família" 129, algumas das quais atribuídas à contaminação genética (Threadgill et al, 1997; Simpson et al, 1997). A linhagem 129/SvJ foi geneticamente contaminada por volta de 1978 por uma linhagem, desconhecida, que difere de outras sub linhagens de 129 em cerca de 25% dos marcadores genéticos SSLP.